植物病理組目前設置五大研究室分別為真菌、病毒、細菌及線蟲等四個作物病害研究室，及專責食用及藥用之菇類研究室。本組主要任務為負責我國植物病害之調查與診斷技術之開發，病原生物之鑑定、生理、生態與快速偵測技術之發展。食用及藥用菌類之分類、栽培技術與產品應用開發。近年來更加強應用分子生物技術於病原之快速鑑別與防治技術之研究。另外也將非農藥防治法、微生物與天然植物保護製劑列為研發重點。本組研究人員過去在水稻病害之研究與抗病檢定法之開發上成就非凡，對穩定國內稻米生產之貢獻卓著。菇類研究室過去在各種食用菇類之育種與栽培技術開發上成果豐碩。近年來本組更在雜糧、蔬菜、果樹、與花卉作物之病害研究上受到肯定，尤其在非農藥防治技術之開發與健康種苗驗證體系之建立上更為國內舉足輕重之研究單位。
真菌病害研究室主要從事我國糧食、特用、果樹、蔬菜、花卉等作物之真菌性病害之研究，重要工作包括：作物真菌性病害之診斷與病原菌鑑定與保存︰近年發現的新病害記錄有70種以上，重要者包括晚疫病新菌系、茭白基腐病及經濟果樹褐根病等；此外並開發菌種液態氮保存技術，保存多種重要作物之病原菌。病原真菌之生態與生理小種變異之研究︰特別針對引起土壤傳播性病害的立枯絲核菌、腐霉菌、疫病菌、鎌孢菌及重要空氣傳播性病原菌中之稻熱病菌、灰黴病、白粉菌有詳盡之研究。經濟作物病害整合性管理技術之研發，特別是非農藥防治技術之開發與應用，以期降低化學合成農藥之使用與污染，近年之重要成果包括利用清園、早期套袋、預先偵測等方法防治愛文檬果炭疽病，開拓外銷市場。利用調配1:1等重亞磷酸與氫氧化鉀使用法防治作物疫病；利用土壤添加物（AR3-2S）防治菜豆白絹病；利用食用油或碳酸氫鉀防治作物白粉病；利用無病原種苗配合塑膠布覆蓋，可有效減少山葵黑心病的發生；發展尿素、碳酸鈣、有益微生物等整合性方法防治果樹褐根病。病害快速診斷檢定與抗病篩選技術之改良︰研發褐根病之快速診斷鑑定技術及建立葉片圓盤接種法以快速檢測灰黴病、白粉病的技術；建立水稻稻熱病及白葉枯病抗病檢定技術，與農藝育種人員配合，培育具優良抗病性之稻品種。有益拮抗微生物之篩選與量產︰應用拮抗微生物生產高科技生物性農藥以防治作物病害，可降低化學農藥對生態環境及消費者健康之衝擊，目前已篩選出多支兼可抑制病害與促進作物生長之木黴菌菌株及放線菌，並且已達到發酵量產與技術移轉廠商之階段。
植病組病毒研究室成立於民國68年，其主要任務為重要經濟作物病毒種類之鑑定，偵測診斷技術之發展及檢定試劑之製備與保存。二十年來已針對國內蔬菜、雜糧、果樹及花卉等重要經濟作物所發生之病毒種類與特性，建立完整之基本資料，其間曾經完成多種世界新紀錄病毒之鑑定與命名。
針對重要病毒本研究室已分別製作偵測用抗體，保存之抗體種類超過50種以上，為國內最大之植物病毒血清庫。可供病毒快速鑑定，即時掌握國內作物病毒病發生狀況。
由於部分病毒難以應用傳統方法製備抗體，研究室已發展出將病毒鞘蛋白基因構築於細菌載體上，使細菌在增殖之過程中可同時合成病毒之鞘蛋白，而免去純化病毒之困難與障礙。利用此法目前已成功製備多種花卉病毒抗體試劑。除血清檢定外，研究室同時也建立了核酸檢定技術，如PCR及核酸探針等。未來將努力發展成為植物病原診斷試劑之量產、保存與供應中心。
本研究室另一項重要研究主題為發展健康種苗繁殖體系及建立病毒驗證制度。目前已經完成文心蘭及蝴蝶蘭種苗病毒驗證之標準作業流程，其中文心蘭驗證已於91年度正式實施。而蝴蝶蘭驗證也將於93年度正式推出。本研究室在此驗證制度下擔任病毒檢定中心之任務。另外豇豆、青蒜及百香果等作物之健康種苗繁殖體系亦已建立，經實際推廣栽培，確定可延遲病毒病發生，提昇產量品質與農民收益。
多年來本研究室針對產業界之需要，從未間斷地提供各種蔬菜、果樹及花卉作物之免費病毒檢定服務與防治技術指導。並曾協助多家組織培養公司建立病毒檢定實驗室，提供技術諮詢與抗血清，增進種苗品質與競爭力，奠定爭取國際訂單之利基。未來也將研究應用基因工程技術改良作物品種，增進抗病能力，降低病毒病之威脅。
細菌研究室主要負責蔬菜、花卉、果樹等作物細菌性病害之診斷、鑑定，病原菌特性、抗藥性、防治，以及分生診斷試劑之研發與遺傳差異性分析等研究。過去已完成茄科細菌性斑點病菌之特性，病害發生生態，生理小種，抗藥性等研究，製成檢測用抗體，擬定有效防治策略。火鶴花細菌性葉枯病(病原菌 Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae) 乃由本研究室於1991年在台灣首次發現，爾後完成抗血清製作並應用於健康種苗生產。細菌性青枯病是多種作物上之重要病害，為本研究室目前重要之研究項目，除應用分生技術分析青枯病菌(Ralstonia solanacearum)遺傳差異性外，並積極開發病原細菌快速診斷試劑。
線蟲研究室主要負責線蟲病害之診斷、種類鑑定、病害生態及防治技術開發。工作重點之一為我國境內劍線蟲發生之調查。劍線蟲(Xiphinema spp.)為世界十大重要植物病原線蟲，不僅直接為害作物根系，亦是多種植物病毒的傳播媒介。經過全面採集及形態特徵比對，總共鑑定出 X. brevicolle 等七個劍線蟲種類，此乃國內第一份有關劍線蟲之完整調查與鑑定資料。未來工作重點將利用分子生物技術，開發供診斷鑑定用之生物晶片，作為擬定檢防疫策略之依據。
菇類研究室主要從事食用與藥用菇類之品種改良、栽培技術改進、種原收集保存及產品開發應用等，主要研究的菇類包括洋菇、高溫菇、草菇、木耳、鮑魚菇、金針菇、杏鮑菇、紫丁香蘑、金福菇、雪耳、竹蓀、靈芝等，目前更將舞菇、巴西蘑菇等藥用菇類研究列為開發重點。近年來重要研究成果有：香菇台農1號經命名推廣栽培數量已達二千萬包以上，佔鮮銷市場75%以上，產值達二億五千萬台幣。成功開發杏鮑菇自動化生產技術與品種改良，並己推廣商業化生產。研發紫丁香蘑、金褔菇及雪耳等新興菇類之栽培技術與品種改良，前者已達推廣試種階段，後二者早於數年前即已將技術轉移推廣於民間。洋菇稻草堆肥室內環控發酵生產技術開發成功，可縮短堆肥製作所需時間，且能減少傳統發酵過程產生的惡臭廢氣對居住環境之衝擊，此種堆肥所生產之洋菇產量比戶外製作之傳統堆肥為高。成功開發舞菇自動化瓶裝栽培技術，已達量產階段，近期內將推廣民間栽培。巴西蘑菇是目最受矚目之抗癌保健食藥用菇類，利用木屑代替稻草栽培以減少重金屬污染已有良好成果，且可生產更高品質之菇體。未來研究重點方向為：杏鮑菇、紫丁香蘑品種改良及適合室內發酵堆肥之洋菇品種選育；舞菇、巴西蘑菇與雞腿菇栽培之研究；以及菇類種源之蒐集與應用性之探討。 | 
