作者：林彥蓉、簡祥庭、金漢煊、林鋐穎、顏信沐、卓緯玄、吳東鴻、賴明信、李長沛*

摘要：

野生稻具有高度遺傳歧異度，對於極端環境有著較高之耐受性，若將野生稻的基因體以分子輔助育種的策略應用於現代栽培種的水稻育種，可因應詭譎多變的氣候變遷與世界糧食需求激增等挑戰。本研究最終目的為將野生稻Oryza officinalis (IRGC. 100986；CC 基因體) 和Oryza australiensis (IRGC. 100882；EE 基因體)之重要基因導入於亞洲栽培稻Oryza sativa (AA 基因體) 之秈稻「台中秈10 號」(‘TCS10’) 和稉稻「台農67 號」(‘TNG67’)，現階段之目標為開發多型性分子標幟。篩選249 個亞洲栽培稻 (O. sativa) 簡單重複序列 (simple sequence repeat; SSR) 分子標幟，結果在O. officinalis 可擴增的分子標幟總計100 個，轉移率為40%，而在O. australiensis 可擴增的分子標幟總計67 個，轉移率為27%。在這些可擴增之SSR 分子標幟中，O. officinalis vs. ‘TCS10’ 和O. officinalis vs. ‘TNG67’ 間有72 個 (72%) 和71 個 (71%) 多型性分子標幟；在O. australiensis vs. ‘TCS10’ 和O. australiensis vs. ‘TNG67’ 間則有51 (76%) 和53 (79%) 個。此外，以生物資訊方法進行栽培種與野生種的基因體序列比較，依據插入/缺失 (indel) DNA 片段，一共設計了123 個分子標幟，分析結果發現在O. officinalis 和O. australiensis 可擴增的分子標幟分別為109 (89%) 和103 (84%) 個，大幅提升可擴增之分子標幟。並發現在O. officinalis vs. ‘TCS10’ 和O. officinalis vs. ‘TNG67’ 間有79 (72%) 與82 (75%) 個多型性分子標幟；而在O. australiensis vs. ‘TCS10’ 和O. australiensis vs. ‘TNG67’ 間則有64 (62%) 和65 (63%) 個多型性分子標幟。進一步以得到的多型性分子標幟分析O. officinalis × ‘TNG67’ 衍生之BC₁F₁ 和BC₂F₁ 世代，結果發現異型合子比例由86.7% (BC₁F₁) 下降為18.1% (BC₂F₁)，而 ‘TNG67’ 同型合子比例則大幅提升，顯示野生稻之染色體片段迅速地自子代染色體中剔除，因此不易建立完整的染色體片段置換系。

關鍵字：分子標幟、轉移率、水稻、野生稻

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