以台灣重要溫帶果樹的品種改良為主，包括梨、枇杷、草莓、桃、李、柿、和鮮食葡萄，目標在育成低需冷量(200小時以內)、早熟、大果、低酸、高品質、外觀鮮豔、不同風味、適合鮮食或加工的品種，以提高台灣水果的多樣性，增加農民收益，並減緩高山地區的水源污染和水土流失問題。
　　
　　果樹栽培管理技術的改進包括研發果園管理自動化、產期調節、高密度觀光果園、網室設施生產、及有機栽培等技術，以達到優質、高產、安全和衛生等目標，並結合休閒、觀光、及永續經營等理念，期能提升果樹產業在加入WTO後的競爭力。近年來主要研究成果包括：育成早熟質佳之低需冷性桃子台農1號'春蜜'，大果早熟之台農3號'春豐'以及中晚熟種台農2號'夏蜜'；育成具有萌芽容易，果實夏季高溫高溫轉色佳，早熟，香味濃等特性之鮮食葡萄新品種台農1號‘春峰’；育成甜脆多汁具蘋果芳香之梨新品種台農3號'玉金香'；研發省工之高接梨嫁接技術，提高農民收益；以智慧型自動噴霧技術進行產期調節，提高水果品質；開發高密度果樹種植技術，並配合休閒農業活動以拓展果樹產業發展空間。