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CRISPR-Cas9編輯系統已被賦予對人病毒和幾種植物單鏈DNA雙生病毒的抗性，指出CRISPR-Cas9系統在病毒控制中的可能應用。在這裡，證明了對花椰菜花葉病毒（CaMV）（具有雙鏈DNA基因組的副逆轉錄病毒）的強病毒抗性可以通過Cas9介導的病毒外殼蛋白序列的多重靶向來實現。我們進一步表明，儘管極低水平的siRNA也會映射到間隔區，但會產生小的干擾RNA（siRNA）並主要定位到單引導RNA（sgRNA）的30端。但是，這些siRNA不負責抑制CaMV感染，因為如果不存在Cas9，則不會產生抗藥性。觀察到一些轉基因植物中系統感染的葉片中編輯過的病毒，其短缺失或插入與外殼蛋白編碼序列中sgRNA目標位點的Cas9誘導的DNA斷裂一致。在大多數情況下，這些經過編輯的外殼蛋白可導致更早的翻譯停止，從而導致無功能的外殼蛋白。