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CRISPR / Cas9系統已被開發用於發展對病毒，細菌和真菌的抵抗力。 為了抵抗DNA病毒（主要是單鏈DNA病毒），已經通過轉基因植物的開發將病毒基因組的不同部分作為瞬時目標。 對於RNA病毒，主要是宿主易感性因子，最近，病毒RNA基因組本身也成為目標。 真菌和細菌的抗性主要是通過轉基因技術的發展來靶向宿主的易感基因而實現的。 儘管取得了這些成功，但CRISPR / Cas9系統卻偏離目標。 通過不斷發現/發展新的變種來解決與該系統有關的這個和其他問題。 最後，關於CRISPR / Cas9的監管觀點將決定使用這種多功能工具發展農作物病原體抗性的命運。