草創奠基期 (1895-1944)

1895

臺灣總督府民政局殖產部長橋口文藏於臺北文武町(今法院和北一女一帶)，以0.2公頃試作場進行稉稻適應性試驗，爲本所之濫觴。

1896

試作場遷徒至大龍峒山仔腳營盤(今公園路燈管理處花卉試驗中心附近)，約2千坪，除水稻還試種蔬菜，並引進乳牛進行改良試驗。

1899

因洪水沖毀設施而遷徙至當時赤十字醫院所在地，並改名為臺北縣農事試驗場，增加甘蔗等作物之試驗，並有種畜牛豬之飼養。

1901

爲擴大試驗範圍另設臺中及臺南兩農事試驗場。

1903

臺北、臺中及臺南三農事試驗場均告廢置，另於臺北市公館附近，即現在之羅斯福路四段本所前址，設立臺灣總督府農事試驗場。

1908

釐定臺灣總督府農事試驗場官制，設置種藝部、農藝化學部、昆蟲部、植物病理部、畜產部丶敎育部及庶務部等7部。

1918

於嘉義設置支場(今嘉義農業試驗分所前身)，主要進行有關熱帶農業試驗。

1921

改稱臺灣總督府中央研究所農業部，內設種藝科、農藝化學科、糖業科、植物病理科、應用動物科及畜產科6科，並設7支所，分別爲士林園藝試驗支所、平鎮茶業試驗支所、嘉義農事試驗支所、恆春種畜支所、嘉義種畜支所、大埔種畜支所及高雄檢糖支所。

1932

農業部內之糖業科獨立成爲糖業試驗所，同時廢置高雄檢糖支所。

1936

設魚池紅茶試驗支所。

1939

臺灣總督府中央研究所農業部撤銷，改組爲臺灣總督府農業試驗所，內設種藝、農藝化學、病理昆蟲、畜產、園藝5科及總務課，並設有士林園藝、平鎮茶業、魚池紅茶、嘉義農業、嘉義畜產、恆春畜產等6試驗支所，另新設鳳山熱帶園藝及臺東熱帶農業試驗支所，合計8個試驗支所。

1943

原有之病理昆蟲科分設成植物病理及應用動物兩科。

1944

增設臺中及屏東兩農業試驗支所。

審度調整期 (1945-1977)

1945

臺灣光復後本所改稱「臺灣省農業試驗所」，隸屬臺灣省行政長官公署，總所設6系(農藝、園藝、畜產、農業化學、應用動物、植物病理) 、2科(農場管理、總務) 、2室(會計、統計)及人事管理員共11單位，轄10試驗支所，分別爲嘉義農業、鳳山熱帶園藝、士林園藝、臺東熱帶農業、臺中農業、屏東農業、平鎮茶業、魚池紅茶、嘉義畜產及恆春畜產。

1947

臺灣省行政長官公署改組爲臺灣省政府，本所直隸屬省府。

魚池及平鎮兩茶業試驗支所歸併省營農林公司所屬茶業分公司，恆春及嘉義兩畜產試驗支所歸併省營畜產分公司。

1948

總所編制修正為5系(農藝系、畜產系、農業化學系、植物病理系、應用動物系)、1科(總務)，所轄臺中及屏東兩農業試驗支所裁撤，其業務分交臺中縣農林總場及高雄縣農林總場接辦，本所僅轄士林園藝、鳳山熱帶園藝、嘉義農業與臺東熱帶農業4試驗支所。

1949

省府改組本所奉令改隸農林廳，各支所同時改稱分所，並奉令接管農林公司畜產分公司恆春種畜場，改稱「恆春畜產試驗分所」。本所共轄士林、嘉義、恆春、鳳山與臺東5試驗分所。總所內增設農場管理室。

1950

總所農場管理室奉令撤銷，業務交農藝系接辦。

1952

臺東熱帶農業試驗分所歸併農林廳所屬臺東區農林改良場，廳屬西部種畜場及棉麻繁殖場改隸本所，並分別改稱新化畜產試驗分所及臺南棉麻試驗分所。本所乃轄士林、鳳山丶嘉義、恆春、新化、臺南6試驗分所。

1955

省營農林公司茶葉分公司移轉民營，平鎮茶業及魚池紅茶兩試驗所復歸本所建制，仍改稱分所。

1958

畜產系與新化、恆春兩畜產試驗分所歸併設置臺灣省畜產試驗所，隸屬農林廳。

1963

本所增設農業機械系及安全組，轄6試驗分所(士林園藝、嘉義農業、臺南棉麻、鳳山熱帶園藝、平鎮茶業及魚池茶業)。

1967

美國科學技術團首席科學顧問賀尼克博士(Dr.Donald F Hornig)抵臺訪問，並向行政院建議本所應另覓地點。行政院制定「科學發展計畫綱要」，由省府農林廳擬具「調整農業研究試驗機構加強農業研究發展方案」，以農業試驗所遷建爲第一優先。

1968

平鎮茶業及魚池茶業試驗分所歸併設置臺灣省茶業改良場，本所改設4分所(士林園藝、嘉義農業、臺南棉麻、鳳山熱帶園藝)。

1969

省政府1043次委員會議決議通過本所遷建方案，農林廳函請台糖公司同意移撥或價讓萬斗六農場土地予本所遷建之用。

1971

行政院核定臺糖萬豐農場讓售省政府，做爲本所遷建新址。

1973

修正本所組織規程，減少士林園藝試驗分所。

1973

新址內首期工程開工，包括所內道路、辦公廳及試驗大樓，並辦理農場之整理。

1976

完成總所萬豐新址之試驗大樓(生物、農業化學、植物病蟲及農業機械)4棟，行政大樓1棟、農場管理室1棟、玻璃溫室12棟及不銹鋼網室、昆蟲檢疫室、養蟲室及同位素各1棟。

1977

總所搬遷萬豐新址，於12月1日正式在新址辦公。

穩健發展期 (1978-迄今)

1978

增設農場管理室及儀器化驗室，並減為嘉義及鳳山2分所。

1982

本所接管臺灣香蕉硏究所「關西柑桔試驗場」改稱「臺灣省農業試驗所關西柑桔工作站」。

中央及省政府協商決定由本所在雲林縣古坑鄉籌設斗六柑桔園藝工作站直屬本所指揮監督。

1985

本所籌設落葉果樹保存園，並得林務局允撥南投縣信義鄉羅娜地區7公頃爲園址。

1986

萬　雄所長退休，杜金池所長接任。

1988

行政院農業委員會補助本所設置「土壤與植體分析中心」。

1990

修正本所組織規程，置副所長，設7系(農藝系、農業工程系、園藝系、農業化學系、植物病理系、應用動物系、農業經濟系)、3室(作物種原室、農場管理室、技術服務室)及總務室。

1991

成立國家作物種原中心並設立於本所。

1991

農業工程系成立專責農業氣象之試驗研究單位，配屬專責研究人員進行相關試驗。

1993

本所組織架構除7系3室及總務室外，增設關西工作站、會計室、人事室、政風室。

1993

國家作物種原中心正式開幕啓用，專責種原之收集與保存，依貯藏條件不同分爲長、中、短期貯藏庫。

1995

杜金池所長調職，林俊義所長接任。

1999

改隸行政院農業委員會，維持7系3室等原組織架構。

2001

修編7系3室調整為10組，並增設花卉研究中心，總務室改為秘書室。

2006

調整內部組設，農藝組、園藝組整併為作物組，並增設生物技術組。

2008

林俊義所長退休，陳炳輝所長接任，陳炳輝所長調職，劉大江所長接任。

2009

成立創新育成中心。

2010

劉大江所長退休，陳駿季所長接任。

2011

羅娜保存園遷址至南投縣魚池鄉東光村。

2013

東光保存園正式營運，以保存中、高需冷性落葉果樹為主要業務。

2019

陳駿季所長調職，林學詩所長接任。

2020

育成基地與農產品加值打樣中心落成。

2022

國家植物表型體分析中心動土開工。