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本所執掌分述如下:
  單位 執掌內容
* 秘書室 1. 事務部分依法辦理本所各項物品採購、廳舍管理維護、消防編組檢查、防護團及防空疏散、工友與勞務外包管理、替代役管理、車輛管理 、公共關係等業務。
2. 保管部分依法辦理本所財產與物品管理、宿舍管理等業務。
3. 出納部分依法辦理本所各項現金收支登記、現金有價價券之保管、國庫取存及支撥款項、匯兌款項之處理、薪津及各項補助款之發放、稅款及保險費等之代扣繳等業務。
4. 文書部分依法辦理本所文書處理、印信製發及典守、收發文、文件交繕、檔案管 理等業務。
5. 研考部分依法辦理本所各項計畫管制與考核、公文檢核、為民服務實施計畫、出國報告書之繳交與列管追蹤等業務。
* 主計室 1. 辦理單位預算、決算事宜及各類經費審核、核銷、開掣憑單、傳票、帳務 處理等會計業務。
2. 辦理本所統計業務。
3. 兼辦本所資訊召集人業務。
* 人事室 1. 依法辦理任免遷調、銓審、聘僱人員、身心障礙、原住民進用、求職薦介、兼職兼課、綜合業務事項。
2. 組織編制、員額管理、文康活動、工作簡化、員工福利事項。
3. 計畫約用人員、替代役、待遇津貼、退休撫卹、保險、志願服務、人事資料管理事項。
* 政風室 本室依據「政風機構人員設置條例」設置,掌理本所有關政風法令宣導、貪瀆不法之預防、發掘及查處,維護公務機密及受理處理檢舉事項。
* 作物組 本組目前分為稻作、特用與雜糧作物、果樹、蔬菜、作物生理與逆境、生物統計與生物資訊、採後處理等七個研究室。主要業務涵蓋農、園藝作物之遺傳育種、品種改良、栽培技術改進、採後處理技術開發與應用、創新技術研發等應用性研究工作,復配合試驗設計、農業資訊及現代化科技來提昇試驗研究和作物生產效率與效能。
* 生技組 本組之主要任務為執行作物分子育種、基因選殖與轉殖、基因轉殖作物之安全性評估以及產品之加值利用與開發等,透過與中央研究院、國內外各大學院校和相關研究機構合作,將分子生物遺傳學技術應用於作物品種改良,藉以縮短作物育種年限,提高產量與品質,並加強分子代謝研究,以提高產品之加值利用。生物技術組設置有四個研究室,分別為生物安全、分子遺傳、組織培養及產品開發研究室。
* 農業化學組 本組從事作物立地資源、植物營養、有益微生物、農業環境保護以及農產化學與加工等調查、分析與研究工作。另外,成立「土壤及植物體營養診斷中心」提供作物營養診斷與施肥量推薦,及「台灣土壤陳列館」展示土壤資訊等服務業界。今後農業化學研究將在現有基礎上,賡續加強基礎科學之研究與實用性栽培新技術之開發;另積極充實土壤資料庫,結合地理資訊系統,開發土壤環境管理專家系統,提供土壤與水資源永續利用等決策參考。
* 應用動物組 本組主要任務涵蓋昆蟲分類與診斷鑑定、天敵之保育與量產應用、害蟲綜合性與整合性防治、誘殺物質開發、農藥應用與殘毒檢測,以及檢疫害蟲偵測等。研究主要作物害蟲之種類、生態習性及發生消長,預測害蟲之發生與危害,使農民得以掌握正確防治方法與時機。研發農藥與非農藥防治方法,建立重要害蟲的防治體系以及綜合管理策略。為防範國外害蟲隨進口農產品入侵,因此針對可能侵入之高風險害蟲,建立全國性的偵測網,予以長期監控,有效避免新害蟲的發生,保護國內農業。
* 植物病理組 本組目前設置五大研究室分別為真菌、病毒、細菌及線蟲等四個作物病害研究室,及專責食用及藥用之菇類研究室。本組主要任務為負責我國植物病害之調查與診斷技術之開發,病原生物之鑑定、生理、生態與快速偵測技術之發展。食用及藥用菌類之分類、栽培技術與產品應用開發。
* 農業工程組 本組之主要研究項目包含一般及新興作物生產機械與機械化自動化作業體系之開發,設施栽培環控技術之研究,及農業氣象與作物逆境防制措施等研究。未來為因應加入世貿組織後農業之轉型,本組擬朝研發現階段農作物生產所需之種植、管理、收穫與收穫後處理機械、開發安全有效率施噴農藥及生物製劑之環保型施藥機械、生質能源再利用之研究、及農業廢棄物之處理、栽培設施微氣候環境調控自動化技術之開發與應用、農田水資源有效利用及蒸發散模式研究、及農業生產受氣候變遷之影響評估等目標發展。
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