本所組織編制置所長1人、副所長1人及主任秘書1人，其下設有作物、遺傳資源及生物技術、農業化學、植物病理、應用動物、農業工程等六個業務組，農業技術轉譯中心及產業發展服務中心等二個派出單位，秘書室、人事室、主計室、政風室等四個行政單位，並有花卉試驗分所、嘉義農業試驗分所及鳳山熱帶園藝試驗分所。

　　現有人員231人，其中博士79人，碩士128人。

　　本所從事與農糧產業相關之科技研究工作致力於農業生產之基盤研究及技術改進，以創新技術提高作物的生產力並改善其品質，以新品種、新技術以維護糧食之生產與安全，並因應政府政策及社會發展需求，調整研發方向，不斷開發創新產業服務模式以帶動農業之轉型與升級。
 

　　未來將秉持以鑽研農業創新技術為己任，提供產業全方位技術解方為宗旨，是以「農業科研創新與加值之領航者」及「產業全方位技術方案之提供者」為發展願景，除在農業科技研發上提供創新動能，並為產業問題提供全方位解決方案，同時亦提供政策制定或推動的科學支持。以發揮落實資源運籌提升科技研發效率，強化研發創新厚植前瞻科研能量，並發揮跨域整合建構產業因應模式之核心能量。