作者：呂秀英、陳政道、呂椿棠*、邱怡嘉、魏夢麗

摘要：

表現序列標幟 (expressed sequence tag, EST) 是cDNA序列片段，直接研究EST可獲取基因表現訊息。透過EST的功能註解、分類和表現量統計，能瞭解不同cDNA基因庫間之基因表現型式的差異性及表現基因的功能類別。現存於公共資料庫的水稻EST序列數量相當龐大，可作為水稻基因組功能註解的重要資源。但針對這些巨量EST，僅靠人工是不可能在短時間內完成所有分析與計算。因此，本研究在Linux伺服器以MySQL資料庫管理系統建立本地資料庫，並綜合Perl和PHP程式語言之運用，成功研發了一套完整的水稻EST功能分析自動化系統，能快速且準確完成EST功能註解、分類及表現量統計的全程分析工作，大大提高了工作效率。使用者無須登錄到Linux分析平台，只要在Microsoft Window操作環境下透過網頁瀏覽器，即可直接使用該系統。系統以Web界面為基礎所設計的輸入畫面在操作上非常簡便，且分析完成後主動將輸出結果透過電子郵件寄給使用者。本系統亦可容易地擴展運用到其他物種之EST功能分析工作，對分子遺傳實驗室發展EST分析工作具有重要意義。

關鍵字：水稻、表現序列標幟、功能註解及分類、基因表現量統計、自動化系統、Perl語言

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