包括pH計、電導度計、分光光度計、焰光光度計、感應偶合電漿光譜儀(ICP-OES)、感應偶合電漿質譜儀(ICPMS)、同位素質譜儀 (IRMS)、自動分析儀 (CFA)、離子層析儀(IC)、元素分析儀、汞分析儀、總有機碳分析儀等，已經對全所同仁提供服務，在對農民提供的分析診斷服務方面，也以此為基礎。本研究室也已具有部分分析有機成份的儀器，如近紅外線光譜儀(NIR)、氣相層析儀(GC)等。
