農業環境保護研究室成立於民國70年7月，係因當時台灣工業發展迅速，部分產業對於污染物質未加處理即以排放，對農業生產環境破壞日益嚴重，因此在本所成立本研究室，加強空氣污染、水質污染、土壤污染、農工廢棄物再利用於農地、精準農耕與氣候變遷對農業生產之影響等研究。
